در راستای سند تحول دستگاه قضا و با هدف ارتقاء سطح همکاری ها با عنایت به جایگاه بی بدیل حوزه های علمیه به عنوان مهد و خاستگاه انقلاب اسلامی و نقش آن ها در پاسخ گویی فعال به نیازها و مطالبات انقلاب، نظام و تمدن اسلامی منطبق با معارف و آموزه های اسلام و فقه جواهری و نقش دستگاه قضا در تحقق عدالت فراگیر و ارتقای سلامت و کارآمدی و اثربخشی نظام جمهوری اسلامی ایران، تفاهم نامه همکاری بین قوه قضائیه و مرکز مدیریت حوزه های علمیه منعقد شد و حجت الاسلام و المسلمین  جناب آقای دکتر هادی، رئیس پژوهشگاه قوه قضائیه با انتصاب مشترک از طرف رئیس محترم قوه قضائیه حضرت حجت الاسلام و المسلمین محسنی اژیه و مدیریت محترم مرکز مدیریت حوزه های علمیه حضرت آیت الله اعرافی، عهده دار مسئولیت ستاد و دبیرخانه مشترک همکاری میان حوزه و قوه قضائیه شدند.

بر اساس این تفاهم نامه همکاری های علمی-آموزشی( مشتمل بر طراحی دوره ها و برنامه ریزی آموزشی، برگزاری کارگاه ها، نشست ها و جشنواره های تخصصی مشترک، بهره گیری از اساتید و فضلای حوزوی، تربیت و تامین نیروی انسانی، ایجاد مراکز تخصصی قضا و …) همکاری های تحقیقاتی و پژوهشی(مشتمل بر پاسخ به نیازهای بنیادین و حل مسائل راهبردی، مشارکت های پژوهشی، ایجاد کرسی های نظریه پردازی و کاربرد نظریه های اسلامی، تولیدات پژوهشی و تحقیقاتی مشترک، عدالت پژوهی، همکار های فقهی و قضائی برای پاسخ به مسائل مستدحثه و … ) همکاری های فرهنگی و تبلیغی( مشتمل بر همکاری در فرهنگ سازی عمومی، همکاری در شبکه سازی اجتماعی، حمایت از طرح های امین و نسیم رحمت، دادن مشاوره فرهنگی به زندانیان، گسترش فرهنگ صلح و سازش و …) گسترش پیدا خواهد کرد. همچنین ایجاد هیئت اندیشه ورز مشترک در جهت افزایش هم اندیشی با استفاده از متخصصان و نخبگان حوزوی و قضائی برای طراحی و اجرای الگوی تعامل جامع حوزه و دستگاه قضا و همچنین مشارکت در شناسایی و حل مسائل نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران با رویکردهای مبتنی بر تراث عظیم اسلامی و ظرفیت های چشمگیر هویت علمی از دستاوردهای مهم این تفاهم نامه به حساب می آید.

برای اجرایی شدن تفاهمنامه، ستاد و دبیرخانه مشترک همکاری قوه قضائیه و حوزه های علمیه در پژوهشگاه ایجاد و فعالیت خود را در جهت توسعه همکاری ها از بهمن ماه ۱۴۰۰ آغاز کرده است. نشست ها و جلسات مشترک با معاونان و مدیران عالی حوزه های علمیه در شهر مقدس قم در جهت شناسایی ظرفیت های مشترک و به کارگیری آن ها با همین رویکرد تعاملی برگزار شده است. بستن تفاهم نامه و ایجاد ستاد و دبیرخانه مشترک همکاری ها می تواند سرآغاز همکاری های مشترک حوزه و دستگاه قضا برای طراحی نظام جامع تعامل حوزه و دستگاه قضا و گسترش زمینه های مشترک همکاری ها در آینده باشد.